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Mis à jour le 23 juin 2025

Trois choses à savoir pour tenir une comptabilité d’auto-entrepreneur conforme

Publié par

  • Laura Chevrier
Trois choses à savoir pour tenir une comptabilité d’auto-entrepreneur conforme

Comptabilité de l’auto-entreprise : rien qu’à la lecture de ces mots, vous voici angoissé. C’est normal : si vous avez choisi le statut auto-entrepreneur, c’est sans doute pour sa simplicité administrative qui vous permet de vous consacrer pleinement à vos missions. Il n’empêche, créer une auto-entreprise ne vous exonère pas d’un certain nombre d'obligations légales, notamment en matière de comptabilité et de gestion des encaissements. Voici ce que vous devez savoir.

Comptabilité simplifiée : pas d’expert-comptable ni de liasse fiscale !

Les entreprises soumises à une tenue de comptabilité doivent établir chaque année une liasse fiscale. Il s’agit d’un ensemble de documents qui mettent en évidence la situation comptable de l'entreprise et les justifications du résultat imposable vis-à-vis du de l’administration fiscale.

Lorsque l’on parle de comptabilité simplifiée en auto-entreprise, cela signifie que les indépendants sont exonérés de ces obligations comptables. Nul besoin de faire appel à un expert-comptable pour certifier ses comptes annuels ni d’établir de bilan annuel en auto-entreprise.

L’auto-entrepreneur doit déclarer son Chiffre d'affaires mensuel ou trimestriel sur la base d’un suivi de ses encaissements (le livre des recettes). Le régime micro-fiscal permet d’établir une déclaration complémentaire simplifiée lors de la déclaration d’impôts.

Comptabilité d'auto-entreprise sans TVA : exonéré jusqu'à un certain seuil …

Les auto-entrepreneurs sont exonérés de TVA jusqu’à un certain seuil de chiffre d'affaires. Pour les activités libérales d’un travailleur freelance ou indépendant qui vend des prestations de services, ce seuil de franchise est établi à 34 400 euros. Si vous franchissez le seuil, vous devez alors facturer avec la TVA à partir du 1er jour du mois de dépassement.

Bon à savoir : Il existe un seuil de tolérance qui s'établit à 36500 euros. Au 1er janvier de l’année suivante, si vous n’avez pas dépassé ce seuil, vous reviendrez à la franchise de TVA. Si vous dépassez le seuil de tolérance, ou que vous vous situez entre 34 400 et 36500 euros de CA durant 2 années consécutives, vous serez exclu de la franchise de TVA.

Traçabilité des comptes de l’auto-entreprise : trois obligations comptables

En revanche, le micro-entrepreneur est tenu de tenir une comptabilité au fil de l’eau pour justifier de ses encaissements et de ses décaissements.

Trois obligations comptables sont attendues :

  1. La tenue d’un livre de recettes ;

  2. Le respect des règles de facturation ;

  3. L’ouverture d’un compte bancaire séparé.

Les documents comptables doivent être conservés pendant 10 ans pour servir de justificatif à l’administration fiscale. Voici ci-dessous les normes à respecter pour établir votre comptabilité en auto-entreprise.

Le livre des recettes

Il doit mentionner le montant et l’origine des recettes perçues en distinguant les règlements en espèces. Les recettes doivent être enregistrées chronologiquement, avec la référence des pièces justificatives (numéro des factures).

Le livre journalier des recettes devra mentionner :

  • Le montant des recettes ;

  • L’identité du client (origine des recettes) ;

  • Le mode et date de règlement ;

  • Le numéro de facture associée.

Bon à savoir : Il n’y a pas de sanction prévue par la loi pour absence de tenue de livre de recettes. En revanche, c’est le seul moyen de pouvoir justifier vos déclarations d’impôts. Les fausses déclarations sur un registre sont en revanche passibles d’une sanction pénale.

Exemple de registre comptable d’auto-entreprise

DateRéférence factureClientType de prestationMontantMode d’encaissement
09/09/2022
F2209-001
Conseil SAS
Coaching équipe commerciale
1200
Virement
15/09/2022
F2209-002
Maryse Bourgoin EI
Accompagnement stratégie développement
600
CB
02/10/2022
F2210-003
Les chauffages alternatifs
Rédaction des argumentaires de vente
900
Virement

La gestion des factures

Bien évidemment, tenir sa comptabilité en auto-entreprise suppose de bien gérer ses factures d'auto-entrepreneur. Les factures doivent comporter plusieurs mentions obligatoires, telles que la date d’émission, le numéro de facture, l’identité du vendeur et de l’acheteur, la désignation du produit, la somme à payer, etc.

La facture devra préciser le taux de TVA applicable sauf si l’auto-entrepreneur est exonéré de TVA. Dans ce cas, la facture devra comporter la mention " TVA non applicable, article 293 B du CGI "

Bon à savoir : depuis le 15 mai 2022, Il existe de nouvelles mentions obligatoires pour les entrepreneurs individuels. Un indépendant en auto-entreprise devra indiquer la mention EI sur ses factures.

Le registre des achats

Le registre des achats mentionne la date de l’achat, sa référence, le nom du fournisseur et le mode de paiement. Il ne concerne que les auto-entreprises commerciales ou artisanales. La nature de leur activité (vente de marchandises, denrées à consommer sur place ou à emporter, prestations d’hébergement), implique un volume important d’achats.

Un freelance n’est pas concerné par l’obligation de registre des achats s’il est immatriculé comme profession libérale aux Bénéfices Non Commerciaux (BNC).

Le compte bancaire séparé

La loi Sapin 2 oblige les auto-entrepreneurs à séparer transactions personnelles et transactions professionnelles. Vous devez donc ouvrir un espace bancaire séparé dédié à votre encaissement en auto-entreprise. En dessous de 10 000 euros de chiffre d'affaires mensuel pendant deux ans, il n’y a pas d’obligation d’ouvrir un compte professionnel

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